연말정산 경정청구는 회사를 거치지 않고 근로자 본인이 홈택스에서 직접 할 수 있고, 연말정산 세액 납부기한(매월 납부 사업장은 다음 해 3월 10일)이 지난 뒤 5년 안에 청구하면 세무서가 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정 결과를 통지합니다(국세기본법 제45조의2 기준). 환급금은 결정일부터 30일 안에 지급되고 기간별 이율(현행 연 3.1%)의 환급가산금이 붙습니다. 이 글에서 청구 자격과 기한, 홈택스 경로, 환급 시점, 자주 놓치는 공제, 청구가 안 되는 경우를 법령 원문으로 안내합니다.
한눈에 요약
- 근로소득만 있는 사람은 회사(원천징수의무자)가 아니라 본인이 직접 경정청구할 수 있으며, 회사가 연말정산 세액을 납부하고 지급명세서를 제출한 경우여야 합니다(국세기본법 제45조의2 제5항·홈택스 경정청구 매뉴얼 기준).
- 기한은 연말정산 세액 납부기한이 지난 뒤 5년이고, 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정·경정하거나 이유가 없다는 뜻을 통지해야 합니다(제45조의2 제1항·제3항 기준).
- 환급금은 결정일부터 30일 안에 지급되며, 경정청구로 받는 환급금에는 기간별 이율(2025년 3월 21일 이후 연 3.1%)의 국세환급가산금이 붙습니다(제51조·제52조·시행규칙 제19조의3 기준).
누가 언제까지 청구할 수 있나요
청구권은 회사와 근로자 모두에게 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제5항은 연말정산 세액을 납부하고 지급명세서를 기한 안에 제출한 “원천징수의무자 또는 원천징수대상자”가 청구할 수 있다고 정하므로, 근로자가 직접 청구할 수 있습니다.
기한은 “연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년”입니다(같은 항). 연말정산은 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 하고 그 세액은 다음 달 10일까지 납부하므로(소득세법 제137조·제128조), 회사가 매월 납부하는 경우 2021년 귀속분은 2022년 3월 10일에서 5년 뒤까지가 조문상 기한입니다. 반기별 납부를 승인받은 사업장은 납부기한이 7월 10일입니다(제128조 제2항). 정확한 대상 연도는 홈택스 경정청구 화면에서 조회되는 귀속연도로 확인하는 것이 안전합니다.
| 구분 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 청구 사유 | 신고한 세액이 정당한 세액보다 많거나, 세액공제·환급세액이 정당한 금액보다 적을 때 | 제45조의2 제1항 |
| 청구권자 | 원천징수의무자(회사) 또는 원천징수대상자(근로자 본인) | 제45조의2 제5항 |
| 기한 | 연말정산 세액 납부기한이 지난 뒤 5년 | 제45조의2 제1항·제5항 |
| 후발적 사유 | 판결 등 사유를 안 날부터 3개월 | 제45조의2 제2항 |
어디서 어떻게 하나요
홈택스 경로는 세금신고 > 종합소득세 신고 > 근로소득 신고 > 경정청구입니다(2026-09-10 홈택스 로그인 전 전체메뉴 실측 기준). 작성 화면은 로그인 뒤에 열리며, 이 글은 로그인 전 메뉴까지만 확인했고 이후 절차는 국세청 매뉴얼(2019년 7월, 2018년 귀속 기준)을 따랐으므로 현행 화면 명칭은 다를 수 있습니다.
홈택스는 회사가 제출한 지급명세서로 연말정산 내용을 미리 채워 주고, 수정 사항을 입력하면 환급 예상 세액을 계산해 경정청구서를 자동 작성합니다(홈택스 매뉴얼 기준). 누락 공제 증빙은 신고 부속서류 제출 화면에서 PDF로 첨부합니다.
서면으로 하려면 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서(별지 제16호의2 서식)에 최초 신고서 사본과 사유를 증명하는 서류를 붙여 관할 세무서에 냅니다(국세기본법 시행규칙 제12조의2). 회사가 낸 지급명세서 자체에 오류가 있으면 근로자가 고칠 수 없어 회사가 지급명세서를 수정 제출하거나 회사를 통해 청구해야 합니다(홈택스 매뉴얼 기준). 손택스 앱 지원 여부는 공식 안내를 확인하지 못해 이 글은 PC 홈택스 기준입니다.
환급은 언제 어떻게 오나요
세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 이유가 없다는 뜻을 통지해야 하고, 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다(제45조의2 제3항). 세무서가 증빙을 검토해 결정하므로 청구액과 실제 환급액은 다를 수 있습니다(홈택스 매뉴얼 기준).
결정된 환급금은 체납 국세가 있으면 먼저 충당하고, 남은 금액을 결정일부터 30일 안에 신고한 계좌로 이체하거나 계좌가 없으면 현금 지급 방식으로 지급합니다(제51조 제2항·제6항·시행령 제33조~제35조). 환급 계좌는 홈택스 납부·고지·환급 > 환급 메뉴에서 등록합니다(실측 기준).
| 단계 | 기한 | 근거 |
|---|---|---|
| 세무서 결정·통지 | 청구받은 날부터 2개월 이내 | 국세기본법 제45조의2 제3항 |
| 환급금 지급 | 환급금 결정일부터 30일 이내 | 제51조 제6항 |
| 환급가산금 | 기산일부터 지급결정일까지 기간별 이율(현행 연 3.1%) | 제52조·시행규칙 제19조의3 |
| 소액 미수령 | 20만 원 이하를 1년간 안 찾아가면 고지 국세에 충당 가능 | 제51조 제8항 |
환급가산금 이율은 기간별로 적용되어 2025년 3월 21일 이후 기간은 연 3.1%, 2024년 3월 22일부터 그 전날까지는 연 3.5%, 그 이전은 연 2.9%이며(시행규칙 제19조의3과 개정 부칙 기준), 기산일은 원천징수 납부액을 법정신고기한 만료일에 낸 것으로 보는 시행령 제43조의3에 따르며 국세청 해석례는 종합소득세 법정신고기한 만료일의 다음 날로 봅니다(기준-2021-법령해석기본-0036 인용 보도 기준). 개인지방소득세는 2020년부터 지방자치단체에 따로 청구합니다(국세청 안내 기준).
자주 놓치는 공제는 무엇인가요
국세청이 놓치기 쉬운 항목으로 꼽은 것은 아래와 같습니다(2024-05-07·2025-05-15 보도자료 기준). 공제 요건과 한도는 귀속연도마다 달라 해당 연도 기준으로 확인해야 합니다.
| 항목 | 놓치는 이유 |
|---|---|
| 월세 세액공제 | 현금영수증·계좌이체 내역·임대차계약서 등 증빙 수집이 늦어 누락 |
| 기부금 | 전년 이전에 기부하고 공제받지 않은 이월기부금, 종이 기부금 영수증 |
| 교육비 | 학자금 대출 상환액, 취학 전 아동 학원비 등 종이 영수증, 국외 교육비 |
| 의료비 | 의료기관이 제출하지 않아 간소화 서비스에 없는 영수증 |
| 혼인세액공제 | 2024~2026년 혼인신고자 생애 1회 적용 누락 |
반대로 소득 100만 원 초과 가족 공제, 형제자매의 부모 중복 공제, 실손보험금을 받은 의료비 미차감 같은 과다 공제는 수정신고 대상입니다(국세청 예시).
경정청구가 안 되는 경우는 언제인가요
| 경우 | 처리 | 근거 |
|---|---|---|
| 연말정산 결정세액이 0원 | 추가로 돌려받을 세액 없음 | 홈택스 매뉴얼 |
| 2곳 이상 근무했는데 소득을 합산하지 않음 | 종합소득세 신고 대상(근로소득 경정청구 아님) | 홈택스 매뉴얼·국세청 안내 |
| 종합소득세를 따로 신고했거나 고지받음 | 종합소득세 경정청구로 진행 | 홈택스 매뉴얼 |
| 회사 지급명세서 자체가 틀림 | 회사가 수정 제출 또는 회사 경유 청구 | 홈택스 매뉴얼 |
| 납부기한 뒤 5년 경과 | 청구 불가(후발적 사유 예외) | 국세기본법 제45조의2 |
경정청구는 기한 안에 신고했지만 세금을 더 낸 경우, 수정신고는 덜 낸 경우, 기한후신고는 기한 안에 신고하지 않은 경우입니다(홈택스 매뉴얼·국세기본법 제45조·제45조의3 기준).
자주 묻는 질문
경정청구를 하면 회사에 알려지나요?
법령상 근로자 본인이 직접 청구하며 회사를 거칠 필요가 없습니다(제45조의2 제5항). 회사에 통보되는지에 대한 공식 안내는 확인하지 못했습니다.
5월 종합소득세 신고로 대신할 수 있나요?
덜 받은 공제는 5월 정기신고의 근로소득 신고에서 반영해 추가 환급을 받을 수 있고, 더 받은 공제도 이때 함께 정정하면 가산세가 없습니다(국세청 2025-05-15 보도자료 기준). 5월을 넘겼다면 경정청구를 이용합니다.
청구하고 2개월이 지났는데 연락이 없으면 어떻게 하나요?
2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다(제45조의2 제3항). 처리가 어려운 경우 세무서는 진행 상황과 불복 가능 사실을 통지해야 합니다(제4항).
지방소득세도 같이 환급되나요?
개인지방소득세는 2020년부터 지방자치단체에 따로 신고·경정청구합니다(국세청 안내 기준). 자동 연계 여부는 공식 안내를 확인하지 못했으므로 관할 시·군·구에 문의하세요.
정리하며
연말정산 경정청구는 근로자 본인이 홈택스 세금신고 > 종합소득세 신고 > 근로소득 신고 > 경정청구에서 직접 하고, 연말정산 세액 납부기한 뒤 5년 안에 청구하면 2개월 안에 결정 통지, 결정일부터 30일 안에 환급이 이뤄집니다. 결정세액 0원·2곳 미합산·지급명세서 오류는 경정청구로 해결되지 않으니 먼저 확인하세요.
이미 결정된 환급금이 들어오지 않았다면 국세 환급금 조회 방법 글에서 미수령 환급금 확인 경로를 볼 수 있습니다. 지방소득세 쪽 환급은 지방세 환급금 조회 글을 참고하세요.
참고 출처: 국세기본법 제45조의2(https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제45조의2), 국세기본법 제51조·제52조(https://www.law.go.kr/법령/국세기본법/제52조), 국세기본법 시행령 제43조의3(https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행령/제43조의3), 국세기본법 시행규칙 제19조의3(https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행규칙/제19조의3), 국세기본법 시행규칙 제12조의2(https://www.law.go.kr/법령/국세기본법시행규칙/제12조의2), 소득세법 제73조·제128조·제137조·제164조(https://www.law.go.kr/법령/소득세법/제137조), 홈택스 경정청구 매뉴얼(https://teht.hometax.go.kr/doc/rn/a/a/2018년_귀속_경정청구_매뉴얼.pdf), 국세청 2025-05-15 보도자료(https://www.nts.go.kr/comm/nttFileDownload.do?fileKey=64723f1e353c283c40925f1e1e75350f), 국세청 2024-05-07 보도자료(https://www.nts.go.kr/comm/nttFileDownload.do?fileKey=290d07b87dca652598392b94dddcb73b), 국세상담센터 Q&A(https://call.nts.go.kr/call/qna/selectHomeQnaInfo.do?mi=3555), 국세청 지방소득세 안내(https://www.nts.go.kr/nts/cm/cntnts/cntntsView.do?cntntsId=7664&mi=2224), 국세청 경정청구서 서식(https://www.nts.go.kr/nts/na/ntt/selectNttInfo.do?nttSn=1002167&mi=135790), 홈택스(https://www.hometax.go.kr/), 일간NTN 2022-01-21 보도(https://www.intn.co.kr/news/articleView.html?idxno=2020413). 본 글은 법제처·국세청·홈택스 공식 자료(2026-09 기준, 국세기본법 2026-08-11 시행본·시행규칙 2026-03-20 시행본)를 근거로 작성했습니다. 공제 요건은 귀속연도마다 다르므로 청구 전 국세청 안내를 확인하세요.